Peradilan Militer di Indonesia dibentuk untuk pertama kalinya dengan UU No. 7 tahun 1946 tentang Peraturan mengadakan pengadilan Tentara di samping Pegadilan biasa. Kemudian terbit UU No.8 Tahun 1946 tentang. peraturan hukum Acara Pidana pada Pengadilan Tentara, sebagai pengadilan yang khusus berlaku bagi militer. Pada tahun 1948 diterbitkan Peraturan Pemerintah No. 37 tahun 1948 tentang Susunan dan Kekuasaan Pengadilan / Kejaksaan dalam lingkungan Peradilan Ketentaraan.
Sejarah Dilmil
Sejak berlakunya Republik Indonesia Serikat pada tahun 1950, terjadi perubahan undang-undang tentang susunan dan kekuasaan kehakiman, dengan disyahkannya Undang-Undang Darurat No. 16 tahun 1950 menjadi Undang-Undang No.5 tahun 1950 tentang Susunan dan Kekuasaan Pengadilan/Kejaksaan dalam Lingkungan Pengadilan Ketentaraan. Ketua Pengadilan Negeri karena jabatannya menjadi Ketua Pengadilan Tentara, dan berdasarkan Undang-Undang No.6 tahun 1950 Jaksa Tentara dirangkap oleh Jaksa Sipil yang karena jabatannya bertugas sebagai pengusut, penuntut dan penyerah perkara. Dalam keadaan yang tidak kondusif seiring dengan perkembangan politik pemerintahan lahirlah Undang-Undang No. 29 tahun 1954 tentang Pertahanan Negara Republik Indonesia. Undang-undang ini merubah sistem dan hukum acara peradilan Militer yaitu antara lain dalam pasal 35 tersebut menyatakan angkatan perang mempunyai peradilan tersendiri dan komandan mempunyai hak menyerahkan perkara. Sebagai Implementasi pasal 35 Undang-Undang No.29 tahun 1954 lahirlah Undang-Undang No. 1 / Drt / 1958 tentang Hukum Acara Pidana Tentara. Dalam Undang-undang tersebut membatasi Jaksa dan Hakim umum di dalam penyelesaian perkara. Kemudian diadakan perobahan disesuaikan dengan keadaan dan perkembangan Ketatanegaraan Indonesia, terakhir perobahan dengan Undang-undang No.31 Tahun 1997 tentang Peradilan Militer.
Pengadilan Militer II-11 Yogyakarta pada awalnya merupakan Pengadilan militer Pekalongan -Banyumas. Pengadilan Militer II-11 Yogyakarta lahir diawali oleh berdirinya Mahkamah Militer wilayah Karesidenan banyumas dan Pekalongan, yang kemudian diadakan reorganisasi, sehingga menjadi Mahkamah Militer II-11 Yogyakarta yang mempunyai wilayah hukum Banyumas, Kedu, yogyakarta dan Surakarta yang berkedudukan di Yogyakarta. Kemudian dengan Undang-undang no.31 Tahun 1997 Mahkamah Militer berobah menjadi pengadilan Militer II-11 Yogyakarta yang memiliki wilayah hukum Propinsi Daerah istimewa Yogyakarta, dan Kabupaten/Kota antara lain : Surakarta, Boyolali, Sragen, Wonogiri, Karanganyar, Sukoharjo Klaten, Cilacap, Banyumas, Purbalingga, Purwokerto, Banjarnegara, Wonosobo, Temanggung, Magelang, Kebumen dan Purworejo yang beralamat di Jalan Perempatan Ring Road Timur Banguntapan Bantul Daerah Istimewa Yogyakarta.
Pada tahun 2004 berdasarkan Keppres nomor: 56 tahun 2004 Pengadilan Militer bergabung menjadi dan sejajar dengan 3 (tiga) lingkungan peradilan lainnya dibawah Mahkamah Agung RI. Sekarang Pengadilan Militer II-11 Yogyakarta berkantor di Jl. Ring Road Timur Banguntapan Bantul, Daerah Istimewa Yogyakarta.