Seiring berjalannya waktu dari tahun ke tahun sejak pemerintahan kolonial Belanda dan Jepang, saat ini sejak tahun 2004 Indonesia sudah memasuki abad baru dalam kehidupan ketatanegaraan yang berkaitan dengan masalah penyelenggaraan fungsi kekuasaan Lembaga Peradilan. Sesuai dengan Pasal 2 Ayat (1) Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 56 Tahun 2004 tentang Pengalihan Organisasi, Administrasi dan Finansial Pengadilan dalam Lingkungan Peradilan Militer dari Markas Besar Tentara Nasional Indonesia ke Mahkamah Agung menyatakan “Organisasi, administrasi dan finansial pada Pengadilan dalam lingkungan peradilan militer dialihkan dari Markas Besar TNI ke Mahkamah Agung terhitung sejak tanggal 30 Juni 2004”.
Kemudian dalam perkembangannya, Undang-Undang Kekuasaan Kehakiman Nomor 48 Tahun 2009 Pasal 21 Ayat (1) menetapkan “Organisasi, administrasi dan finansial Mahkamah Agung dan Badan Peradilan yang berada dibawahnya berada dibawah kekuasaan Mahkamah Agung”.
Pemindahan kewenangan bidang organisasi, administrasi dan finansial Lembaga Peradilan dari eksekutif kepada yudikatif berdasarkan UU Nomor 48 Tahun 2009 tersebut, maka pembinaan Bidang Teknis Yudisial dan Non Teknis Yudisial Lembaga Peradilan kini berada satu atap di bawah kekuasaan Mahkamah Agung. Artinya kedudukan Peradilan Umum, Peradilan Agama, Peradilan Militer dan Peradilan TUN adalah sama.
Yurisdiksi (Jurisdiksi atau Rechtmacht merupakan kekuasaan memeriksa atau mengadili) dan Yustisiabel (Justisiabel) adalah orang-orang yang tunduk atau ditundukkan pada kekuasaan suatu badan peradilan tertentu sebenarnya termasuk bidang hukum acara pidana dalam arti luas. Mempelajari yurisdiksi suatu badan peradilan juga berarti sekaligus mempelajari yustisiabel dari badan peradilan tersebut. Dalam hal ini diadakan pemisahan penguraian kedua materi tersebut, karena yang erat hubungannya dengan hukum pidana material (dalam subjek sebagai unsur dari suatu tindak pidana) adalah tentang yustiabel.
Yurisdiksi dan yustisiabel merupakan dua istilah yang saling melengkapi. Dengan demikian ketentuan-ketentuan mengenai yurisdiksi dapat juga ditafsirkan sebagai ketentuan ketentuan mengenai yustisiabel.
Yang diutarakan dalam uraian ini adalah mengenai seseorang yang diperiksa dan diadili karena suatu perkara pidana. Padahal dalam rangka membicarakan suatu tindak pidana, pelaku tersebut disebut subjek dan merupakan salah satu unsur dari tindak pidana. Jadi hubungan justisiabel dengan subjek ialah bahwa orang yang bersangkutan adalah pelaku (subjek) dari suatu tindak pidana yang sekaligus merupakan justisiabel (pencari keadilan) dari suatu badan peradilan tertentu. Dalam hal ini perlu diperhatikan bahwa walaupun mungkin ada persamaan/kemiripan dari suatu tindakan yang dilakukan secara terpisah oleh seseorang justisiabel badan-badan peradilan militer dengan seseorang justisiabel badan-badan peradilan umum, kepada mereka tidak selalu dapat diterapkan pasal tindak pidana yang sama, walaupun hakekat pokok dari tindakan itu sama. Dilihat dari sudut kemandirian peradilan militer dan hukum pidana militer, seseorang dapat merupakan (ditentukan sebagai) justisiabel peradilan militer, tetapi tidak selalu dapat menjadi subjek dari suatu tindak pidana militer. Sebaliknya seseorang yang dapat melakukan suatu tindak pidana militer selalu merupakan justisiabel peradilan militer.
Dengan demikian kedudukan Peradilan Militer merupakan salah satu badan Peradilan yang melaksanakan kekuasaan kehakiman untuk menegakkan hukum dan keadilan dengan memperhatikan kepentingan penyelenggaraan pertahanan keamanan negara, yang susunan dan kekuasaan serta hukum acaranya termasuk pengkhususannya diatur dalam Undang-Undang Nomor 31 tahun 1997 tentang Peradilan Militer. Pengadilan Militer II-11 Yogyakarta adalah Pengadilan Tingkat pertama yang mengadili tindak pidana yang dilakukan oleh seorang prajurit yang berpangkat Kapten kebawah.
Berdasarkan Surat Keputusan Ketua Mahkamah Agung RI Nomor : 207/KMA/SK/VI/2022 tanggal 09 Oktober 2018 tentang Perubahan Ketiga Atas Keputusan Ketua Mahkamah Agung Nomor 200/KMA/SK/X/2028 tentang Kelas, Tipe dan Daerah Hukum Pengadilan Tingkat Pertama dan Pengadilan Tingkat Banding pada Empat Lingkungan Peradilan, daerah hukum Pengadilan Militer II-11 Yogyakarta meliputi wilayah Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta dan sebagian kota serta kabupaten di wilayah Provinsi Jawa Tengah, yaitu : Kota Magelang, Kabupaten Magelang, Kabupaten Klaten, Kabupaten Wonogiri, Kabupaten Banjarnegara, Kabupaten Purbalingga, Kabupaten Banyumas, Kabupaten Cilacap, Kabupaten Kebumen, Kabupaten Wonosobo, Kabupaten Temanggung, dan Kabupaten Purworejo.
Selain hanya menyidangkan perkara pidana dan pelanggaran lalu lintas yang dilakukan oleh anggota TNI, Pengadilan Militer II-11 Yogyakarta juga dapat memberikan pelayanan publik yang prima kepada para pencari keadilan dan Masyarakat maupun mahasiswa, maka Pengadilan Militer II-11 Yogyakarta senantiasa akan memberikan informasi kinerja instansi berbasis elektronik melalui laman resmi website Pengadilan Militer II-11 Yogyakarta.
