Sistem Pengendalian Intern Pemerintah, yang selanjutnya disingkat SPIP, adalah proses yang integral pada tindakan dan kegiatan yang dilakukan secara terus menerus oleh pimpinan dan seluruh pegawai untuk memberikan keyakinan memadai atas tercapainya tujuan organisasi yang diselenggarakan secara menyeluruh di lingkungan Mahkamah Agung dan Badan Peradilan di bawahnya.

Peraturan Pemerintah Nomor 60 Tahun 2008 tentang Sistem  Intern Pemerintah diperlukan pengaturan mengenai manajemen risiko. Manajemen Risiko adalah pendekatan sistematis yang meliputi budaya, proses, dan struktur untuk menentukan tindakan terbaik terkait Risiko dimana merupakan salah satu bagian terpenting dalam rangka mendukung pencapaian tugas dan fungsi organisasi yang menunjukkan tingkat maturitas Sistem Pengendalian Intern Pemerintah. 

Pedoman manajemen risiko di lingkungan Mahkamah Agung diatur dalam Keputusan Sekretaris Mahkamah Agung dan Badan Peradilan di bawahnya nomor 475/SEK/SK/VII/2019 mengenai petunjuk teknis penerapan manajemen risiko.  Pedoman manajemen risiko menjadi acuan bagi Pengadilan Militer II-11 Yogyakarta sesuai dengan tugas dan fungsinya.